Differences
This shows you the differences between two versions of the page.
Both sides previous revision Previous revision Next revision | Previous revision Next revision Both sides next revision | ||
grid [2007/09/12 19:22] zeman Už to dávno nejsou jenom soly. |
grid [2007/10/01 05:47] bojar nastaveni PATH -- napr. pro tu Javu |
||
---|---|---|---|
Line 3: | Line 3: | ||
Cluster (shluk) neboli grid (mříž, síť) je skupina počítačů, | Cluster (shluk) neboli grid (mříž, síť) je skupina počítačů, | ||
+ | * lrc.ufal.hide.ms.mff.cuni.cz: | ||
* fireball1 až 10 (na každém 4 procesory Intel Xeon 3 GHz, 16 GB paměti, Fedora 7) | * fireball1 až 10 (na každém 4 procesory Intel Xeon 3 GHz, 16 GB paměti, Fedora 7) | ||
* tauri1 až 10 (na každém 4 procesory Intel Xeon 3 GHz, 16 GB paměti, Fedora 7) | * tauri1 až 10 (na každém 4 procesory Intel Xeon 3 GHz, 16 GB paměti, Fedora 7) | ||
Line 13: | Line 14: | ||
* poslat mnoho úloh k řešení najednou, úlohy budou ale spuštěny teprve, když na to bude čas | * poslat mnoho úloh k řešení najednou, úlohy budou ale spuštěny teprve, když na to bude čas | ||
* " | * " | ||
+ | |||
+ | ===== Jak začít ===== | ||
Jednou za život musíte provést [[Základní nastavení SGE]], abyste SGE mohli používat. | Jednou za život musíte provést [[Základní nastavení SGE]], abyste SGE mohli používat. | ||
- | |||
- | ===== Pravidla pro správné používání clusteru ===== | ||
- | |||
- | Základní pravidlo, které musíme všichni ctít, aby SGE plnilo svou úlohu dobře: | ||
- | |||
- | * Nespouštět úlohy ručně. (O ručně spuštěných úlohách SGE nemá informaci, klidně na daný uzel pošle ještě další úlohy z fronty.) | ||
- | * Pokud možno používat '' | ||
- | * Uklízet po sobě lokální data, protože jinak si tam už nikdo nic užitečného nepustí. | ||
- | |||
- | Víc pravidel není. | ||
===== Ukázka užití SGE ===== | ===== Ukázka užití SGE ===== | ||
Line 32: | Line 25: | ||
< | < | ||
- | ssh sol7 | + | ssh lrc |
- | # přihlašte se na nějaký ze solů | + | # přihlašte se na hlavu clusteru |
echo " | echo " | ||
# vyrobte skript, který popisuje, co má úloha udělat | # vyrobte skript, který popisuje, co má úloha udělat | ||
Line 41: | Line 34: | ||
# Ale dodatečné parametry zařídily: | # Ale dodatečné parametry zařídily: | ||
# -cwd ... skript bude spuštěn v aktuálním adresáři (a nikoli homu) | # -cwd ... skript bude spuštěn v aktuálním adresáři (a nikoli homu) | ||
+ | # -V ... proměnné z vašeho prostředí budou zkopírovány do prostředí skriptu | ||
# -j y ... standardní a chybový výstup bude spojen (jako to dělá nohup) | # -j y ... standardní a chybový výstup bude spojen (jako to dělá nohup) | ||
# Pořadí parametrů **je** důležité, | # Pořadí parametrů **je** důležité, | ||
Line 71: | Line 65: | ||
# když chcete zrušit všechny své joby (rušit cizí nesmíte) | # když chcete zrušit všechny své joby (rušit cizí nesmíte) | ||
</ | </ | ||
+ | |||
+ | ** V.N.: "qdel all" mi nefunguje, nahradil jsem za:** | ||
+ | qdel " | ||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | ===== Pravidla pro správné používání clusteru ===== | ||
+ | |||
+ | Základní pravidlo, které musíme všichni ctít, aby SGE plnilo svou úlohu dobře: | ||
+ | |||
+ | * Nespouštět úlohy ručně. (O ručně spuštěných úlohách SGE nemá informaci, klidně na daný uzel pošle ještě další úlohy z fronty.) | ||
+ | |||
+ | Další doporučení: | ||
+ | * Pokud možno používat '' | ||
+ | * Dotaz: jak se kombinuje '' | ||
+ | * Uklízet po sobě lokální data, protože jinak si tam už nikdo nic užitečného nepustí. | ||
+ | * Vyhnout se hodně divokému paralelnímu přístupu ke sdíleným diskům. NFS server to pak nepěkně zpomalí pro všechny. Distribuujte tedy i data. | ||
+ | |||
+ | Víc pravidel není. | ||
+ | |||
===== Triky a opentlení ===== | ===== Triky a opentlení ===== | ||
Line 92: | Line 106: | ||
Pokud se nemýlím, není dovoleno použít '' | Pokud se nemýlím, není dovoleno použít '' | ||
+ | |||
+ | |||
==== Proměnné prostředí, | ==== Proměnné prostředí, | ||
Line 98: | Line 114: | ||
Zatím nevím přesně, které ze souborů '' | Zatím nevím přesně, které ze souborů '' | ||
+ | |||
+ | Z toho například také vyplývá, že bez ošetření se jako **Java** používá | ||
+ | |||
+ | java version " | ||
+ | gij (GNU libgcj) version 4.1.2 20070502 (Red Hat 4.1.2-12) | ||
+ | |||
+ | Pokud chcete submittovaný program pouštět ve svém oblíbeném prostředí (např. nastavení '' | ||
==== Jiný shell ==== | ==== Jiný shell ==== |