[ Skip to the content ]

Institute of Formal and Applied Linguistics Wiki

[ Back to the navigation ]

You are here: start » grid

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision 		Previous revision
Next revision Both sides next revision
grid [2007/09/14 10:00]
zeman -V 		grid [2007/10/01 16:19]
novak -b
Line 18: Line 18:
  
 Jednou za život musíte provést [[Základní nastavení SGE]], abyste SGE mohli používat. Jednou za život musíte provést [[Základní nastavení SGE]], abyste SGE mohli používat.
 +
  
 ===== Ukázka užití SGE ===== ===== Ukázka užití SGE =====
Line 64: Line 65:
   # když chcete zrušit všechny své joby (rušit cizí nesmíte)   # když chcete zrušit všechny své joby (rušit cizí nesmíte)
 </code> </code>
 +
 +** V.N.: "qdel all" mi nefunguje, nahradil jsem za:**
 +   qdel "*"
 +
  
  
Line 71: Line 76:
  
   * Nespouštět úlohy ručně. (O ručně spuštěných úlohách SGE nemá informaci, klidně na daný uzel pošle ještě další úlohy z fronty.)   * Nespouštět úlohy ručně. (O ručně spuštěných úlohách SGE nemá informaci, klidně na daný uzel pošle ještě další úlohy z fronty.)
-  * Pokud možno používat ''nice''. [dotaz Dan: jak se kombinuje ''nice'' s ''qsub''em?]+ 
 +Další doporučení: 
 +  * Pokud možno používat ''nice''. 
 +      *  Dotaz: jak se kombinuje ''nice'' s ''qsub''em? SGE je snad nyní nastaveno tak, že vše bude nicenuté. Každopádně je dobré do submitovaného skriptu na začátek napsat ''renice 10 $$''.
   * Uklízet po sobě lokální data, protože jinak si tam už nikdo nic užitečného nepustí.   * Uklízet po sobě lokální data, protože jinak si tam už nikdo nic užitečného nepustí.
 +  * Vyhnout se hodně divokému paralelnímu přístupu ke sdíleným diskům. NFS server to pak nepěkně zpomalí pro všechny. Distribuujte tedy i data.
  
 Víc pravidel není. Víc pravidel není.
Line 78: Line 87:
  
 ===== Triky a opentlení ===== ===== Triky a opentlení =====
 +
  
 ==== ~bojar/tools/qsubmit ==== ==== ~bojar/tools/qsubmit ====
Line 83: Line 93:
 qsubmit je jako qsub, ale příjemnější: qsubmit je jako qsub, ale příjemnější:
  
-  * nemusíte vyrábět skript, vyrobí ho sám+  * nemusíte vyrábět skript, vyrobí ho sám (pozn.: nemusíte vyrábět skript, když použijete přepínač ''-b y'')
   * nemusíte připisovat ''-cwd -j y -S /bin/bash''   * nemusíte připisovat ''-cwd -j y -S /bin/bash''
  
Line 97: Line 107:
  
 Pokud se nemýlím, není dovoleno použít ''qsub'' ve skriptu/programu, který je už přes ''qsub'' spuštěn. Pokud se nemýlím, není dovoleno použít ''qsub'' ve skriptu/programu, který je už přes ''qsub'' spuštěn.
 +
 +
  
 ==== Proměnné prostředí, nastavení vlastního prostředí ==== ==== Proměnné prostředí, nastavení vlastního prostředí ====
Line 103: Line 115:
  
 Zatím nevím přesně, které ze souborů ''.login'', ''.bashrc'' ap. SGE spouští, jestli vůbec nějaké. Naopak, experimentálně jsem ověřil, že ''qsub -S /bin/bash skript'' nenačte žádný z ''.bashrc'', ''.bash_profile'', ''.login'', ani ''.profile''. Zatím nevím přesně, které ze souborů ''.login'', ''.bashrc'' ap. SGE spouští, jestli vůbec nějaké. Naopak, experimentálně jsem ověřil, že ''qsub -S /bin/bash skript'' nenačte žádný z ''.bashrc'', ''.bash_profile'', ''.login'', ani ''.profile''.
 +
 +Z toho například také vyplývá, že bez ošetření se jako **Java** používá
 +
 +   java version "1.5.0"
 +   gij (GNU libgcj) version 4.1.2 20070502 (Red Hat 4.1.2-12)
 +
 +Pokud chcete submittovaný program pouštět ve svém oblíbeném prostředí (např. nastavení ''PATH''), musíte v obalujícím skriptu příslušné ''.bash*'' načíst. Vždy je ale bezpečnější všude psát plné cesty, než spoléhat na PATH.
  
 ==== Jiný shell ==== ==== Jiný shell ====

[ Back to the navigation ] [ Back to the content ]