Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- grid [2007/09/14 10:00]
zeman -V
+++ grid [2008/03/26 13:27]
zeman Příklad volání qsub.csh.
@@ Line 18: / Line 18: @@
 Jednou za život musíte provést [[Základní nastavení SGE]], abyste SGE mohli používat.
 ===== Ukázka užití SGE =====
@@ Line 64: / Line 65: @@
   # když chcete zrušit všechny své joby (rušit cizí nesmíte)
 </code>
+** V.N.: "qdel all" mi nefunguje, nahradil jsem za:**
+   qdel "*"
@@ Line 71: / Line 76: @@
   * Nespouštět úlohy ručně. (O ručně spuštěných úlohách SGE nemá informaci, klidně na daný uzel pošle ještě další úlohy z fronty.)
-  * Pokud možno používat ''nice''. [dotaz Dan: jak se kombinuje ''nice'' s ''qsub''em?]
+Další doporučení:
+  * Pokud možno používat ''nice''.
+      *  Dotaz: jak se kombinuje ''nice'' s ''qsub''em? SGE je snad nyní nastaveno tak, že vše bude nicenuté. Každopádně je dobré do submitovaného skriptu na začátek napsat ''renice 10 $$''.
   * Uklízet po sobě lokální data, protože jinak si tam už nikdo nic užitečného nepustí.
+  * Vyhnout se hodně divokému paralelnímu přístupu ke sdíleným diskům. NFS server to pak nepěkně zpomalí pro všechny. Distribuujte tedy i data.
 Víc pravidel není.
@@ Line 79: / Line 88: @@
 ===== Triky a opentlení =====
-==== ~bojar/tools/qsubmit ====
+==== ~bojar/tools/shell/qsubmit ====
 qsubmit je jako qsub, ale příjemnější:
-  * nemusíte vyrábět skript, vyrobí ho sám
+  * nemusíte vyrábět skript, vyrobí ho sám (pozn.: nemusíte vyrábět skript, když použijete přepínač ''-b y'')
   * nemusíte připisovat ''-cwd -j y -S /bin/bash''
 <code>
-~bojar/tools/qsubmit "bashovy_prikaz < prismeruj > presmeruj 2> atd..."
+~bojar/tools/shell/qsubmit "bashovy_prikaz < prismeruj > presmeruj 2> atd..."
 </code>
+==== ~zeman/bin/qsub.csh ====
+Podobná věc pro ''tcsh''. Pokud bychom chtěli použít přesměrování standardního vstupu a výstupu, musíme ho dát do uvozovek nebo apostrofů, protože jinak se o něm ''qsub.csh'' nedozví, do skriptu k odeslání to neopíše a naopak jeho standardní vstup a výstup bude přesměrován. V přesměrování i v případných dalších argumentech, kde se vyskytují cesty k souborům, je vhodné použít úplné cesty. Pozor také na to, aby šlo o soubory a složky viditelné z celé sítě (tedy ne ve vašem ''/mnt/h/tmp'', například).
+<code tcsh>setenv SCRIPTFILE /tmp/`basename $1`.$$.csh
+echo $* > $SCRIPTFILE
+echo $*
+echo qsub -cwd -V -S /bin/tcsh -m e $SCRIPTFILE
+qsub -cwd -V -S /bin/tcsh -m e $SCRIPTFILE
+qstat -u '*'
+rm $SCRIPTFILE</code>
+Příklad spuštění:
+<code>qsub.csh $PARSER/train.pl "< $cesta/${xx}train.csts > $cesta/${xx}.1.stat"</code>
+(Kdybych místo uvozovek použil apostrofy, nerozbalily by se mi proměnné. První argument (název skriptu) klidně mohl být v uvozovkách spolu s přesměrováním. Dal jsem ho ven jen proto, že potom ''qsub.csh'' podle něj pojmenuje job ve frontě.)
 ===== Časté a záludné problémy =====
@@ Line 97: / Line 123: @@
 Pokud se nemýlím, není dovoleno použít ''qsub'' ve skriptu/programu, který je už přes ''qsub'' spuštěn.
 ==== Proměnné prostředí, nastavení vlastního prostředí ====
@@ Line 103: / Line 131: @@
 Zatím nevím přesně, které ze souborů ''.login'', ''.bashrc'' ap. SGE spouští, jestli vůbec nějaké. Naopak, experimentálně jsem ověřil, že ''qsub -S /bin/bash skript'' nenačte žádný z ''.bashrc'', ''.bash_profile'', ''.login'', ani ''.profile''.
+Z toho například také vyplývá, že bez ošetření se jako **Java** používá
+   java version "1.5.0"
+   gij (GNU libgcj) version 4.1.2 20070502 (Red Hat 4.1.2-12)
+Pokud chcete submittovaný program pouštět ve svém oblíbeném prostředí (např. nastavení ''PATH''), musíte v obalujícím skriptu příslušné ''.bash*'' načíst. Vždy je ale bezpečnější všude psát plné cesty, než spoléhat na PATH.
 ==== Jiný shell ====

[ Back to the navigation ] [ Back to the content ]

Institute of Formal and Applied Linguistics Wiki

Differences