[ Skip to the content ]

Institute of Formal and Applied Linguistics Wiki

[ Back to the navigation ]

You are here: start » grid

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision 		Previous revision
Next revision Both sides next revision
grid [2007/09/28 17:31]
novak Nejak nefunguje all 		grid [2008/03/26 12:59]
zeman Danovo opentlení pro tcsh.
Line 88: Line 88:
 ===== Triky a opentlení ===== ===== Triky a opentlení =====
  
-==== ~bojar/tools/qsubmit ====+==== ~bojar/tools/shell/qsubmit ====
  
 qsubmit je jako qsub, ale příjemnější: qsubmit je jako qsub, ale příjemnější:
  
-  * nemusíte vyrábět skript, vyrobí ho sám+  * nemusíte vyrábět skript, vyrobí ho sám (pozn.: nemusíte vyrábět skript, když použijete přepínač ''-b y'')
   * nemusíte připisovat ''-cwd -j y -S /bin/bash''   * nemusíte připisovat ''-cwd -j y -S /bin/bash''
- 
  
 <code> <code>
-~bojar/tools/qsubmit "bashovy_prikaz < prismeruj > presmeruj 2> atd..."+~bojar/tools/shell/qsubmit "bashovy_prikaz < prismeruj > presmeruj 2> atd..."
 </code>  </code> 
  
 +==== ~zeman/bin/qsub.csh ====
 +
 +Podobná věc pro ''tcsh''. Pokud bychom chtěli použít přesměrování standardního vstupu a výstupu, musíme ho dát do uvozovek nebo apostrofů, protože jinak se o něm ''qsub.csh'' nedozví, do skriptu k odeslání to neopíše a naopak jeho standardní vstup a výstup bude přesměrován. V přesměrování i v případných dalších argumentech, kde se vyskytují cesty k souborům, je vhodné použít úplné cesty. Pozor také na to, aby šlo o soubory a složky viditelné z celé sítě (tedy ne ve vašem ''/mnt/h/tmp'', například).
 +
 +<code tcsh>setenv SCRIPTFILE /tmp/`basename $1`.$$.csh
 +echo $* > $SCRIPTFILE
 +echo qsub -cwd -V -S /bin/tcsh -m e $SCRIPTFILE
 +qsub -cwd -V -S /bin/tcsh -m e $SCRIPTFILE
 +qstat -u '*'
 +rm $SCRIPTFILE</code>
  
 ===== Časté a záludné problémy ===== ===== Časté a záludné problémy =====
Line 106: Line 115:
  
 Pokud se nemýlím, není dovoleno použít ''qsub'' ve skriptu/programu, který je už přes ''qsub'' spuštěn. Pokud se nemýlím, není dovoleno použít ''qsub'' ve skriptu/programu, který je už přes ''qsub'' spuštěn.
 +
 +
  
 ==== Proměnné prostředí, nastavení vlastního prostředí ==== ==== Proměnné prostředí, nastavení vlastního prostředí ====
Line 112: Line 123:
  
 Zatím nevím přesně, které ze souborů ''.login'', ''.bashrc'' ap. SGE spouští, jestli vůbec nějaké. Naopak, experimentálně jsem ověřil, že ''qsub -S /bin/bash skript'' nenačte žádný z ''.bashrc'', ''.bash_profile'', ''.login'', ani ''.profile''. Zatím nevím přesně, které ze souborů ''.login'', ''.bashrc'' ap. SGE spouští, jestli vůbec nějaké. Naopak, experimentálně jsem ověřil, že ''qsub -S /bin/bash skript'' nenačte žádný z ''.bashrc'', ''.bash_profile'', ''.login'', ani ''.profile''.
 +
 +Z toho například také vyplývá, že bez ošetření se jako **Java** používá
 +
 +   java version "1.5.0"
 +   gij (GNU libgcj) version 4.1.2 20070502 (Red Hat 4.1.2-12)
 +
 +Pokud chcete submittovaný program pouštět ve svém oblíbeném prostředí (např. nastavení ''PATH''), musíte v obalujícím skriptu příslušné ''.bash*'' načíst. Vždy je ale bezpečnější všude psát plné cesty, než spoléhat na PATH.
  
 ==== Jiný shell ==== ==== Jiný shell ====

[ Back to the navigation ] [ Back to the content ]