Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- grid [2008/03/26 13:27]
zeman Příklad volání qsub.csh.
+++ grid [2017/09/26 11:53]
popel
@@ Line 1: / Line 1: @@
-====== Sun Grid Engine (SGE) ======
+====== ÚFAL Grid Engine (LRC) ======
-Cluster (shluk) neboli grid (mříž, síť) je skupina počítačů, na kterých běží software pro automatické umístění vašeho výpočtu na dosud nevytížený stroj. Cluster na ÚFALu se nazývá LRC (Linguistic Research Cluster) a clustrovací software na něm je Sun Grid Engine. Do clusteru jsou zařazené tyto počítače:
+LRC (Linguistic Research Cluster) is a name of ÚFAL's CPU computational cluster, which has (as of 2017/09) about 1600 CPU cores (115 servers + 2 submission heads), with a total 10 TiB of RAM.
-  * lrc.ufal.hide.ms.mff.cuni.cz: hlava clusteru. To znamená, že neslouží k výpočtům, ale ke správě fronty výpočtů, které se odesílají na výpočetní stroje v clusteru. Na hlavě se nemají pouštět žádné náročné výpočty a naopak na ostatní stroje v clusteru se mají výpočty odesílat výhradně prostřednictvím hlavy. Hlava má 2 procesory Intel Pentium D 3 GHz a 1 GB paměti.
+If you need GPU processing, see a special page about our [[:gpu|GPU cluster called DLL]].
-  * fireball1 až 10 (na každém 4 procesory Intel Xeon 3 GHz, 16 GB paměti, Fedora 7)
-  * tauri1 až 10 (na každém 4 procesory Intel Xeon 3 GHz, 16 GB paměti, Fedora 7)
+Cluster (shluk) neboli grid (mříž, síť) je skupina počítačů, na kterých běží software pro automatické umístění vašeho výpočtu na dosud nevytížený stroj. Cluster na ÚFALu se nazývá LRC (Linguistic Research Cluster) a clustrovací software na něm je (Sun/Oracle/Son of) Grid Engine. Do clusteru jsou zařazené tyto počítače:
-  * orion1 až 10 (na každém 4 procesory Intel Xeon 2 GHz, 16 GB paměti, 12.9.2007 naplánovaná odstávka na reinstalaci)
-  * sol1 až 10 (na každém 4 procesory AMD Opteron Dual Core 2 GHz, 16 GB paměti, 12.9.2007 naplánovaná odstávka na reinstalaci)
+  * lrc.ufal.hide.ms.mff.cuni.cz: hlava clusteru. To znamená, že neslouží k výpočtům, ale ke správě fronty výpočtů, které se odesílají na výpočetní stroje v clusteru. Na hlavě se nemají pouštět žádné náročné výpočty a naopak na ostatní stroje v clusteru se mají výpočty odesílat výhradně prostřednictvím hlavy. Hlava má 2 procesory Intel Pentium D 3 GHz a 1 GB paměti. Ve skutečnosti existují hlavy dvě - lrc1 a lrc2, které sdílí IP adresu lrc.ufal.hide.ms.mff.cuni.cz. V případě výpadku jedné z hlav, přebírá kontrolu ta druhá.
+  * V následující tabulce je uveden seznam výpočetních uzlů clusteru (aktuální k 6.4.2012):
+^ Jméno                   ^ CPU                         ^ RAM (GB)   ^ OS               ^
+| andromeda[1-13]         | 2xCore4 AMD Opteron 2.8 Ghz | 32         | Ubuntu 10.04     |
+| fireball[1-10]          | 2xCore4 Intel Xeon 3 Ghz    | 32         | Ubuntu 10.04     |
+| hyperion[1-10]          | 2xCore2 Intel Xeon 3 Ghz    | 32         | Ubuntu 10.04     |
+| lucifer[1-10]           | 2xCore4 Intel Xeon 2.4 Ghz  | 128        | Ubuntu 10.04     |
+| orion[1-10]             | 2xCore4 Intel Xeon 2 Ghz    | 32         | Ubuntu 10.04     |
+| tauri[1-10]             | 2xCore4 Intel Xeon 3 Ghz    | 32         | Ubuntu 10.04     |
+| cosmos                  | 4xCore2 Intel Xeon 2.93 Ghz | 256        | Ubuntu 10.04     |
+| belzebub                | 8xCore4 Intel Xeon 2.90 Ghz | 256        | Ubuntu 10.04     |
+| iridium                 | 2xCore4 Intel Xeon 1.86 Ghz | 512        | Ubuntu 10.04     |
+| twister[1,2]            | 2xCore4 Intel Xeon 2.4 Ghz  | 48         | Ubuntu 10.04     |
+Outside LRC cluster:
+^ Jméno                   ^ CPU                         ^ RAM (GB)   ^ OS               ^
+| pandora[1-10]           | 2xCore2 Intel Xeon 2.6 Ghz  | 16         | Ubuntu 10.04     |
+| sol[1-8,11-13]          | 2xCore4 AMD Opteron 2 Ghz   | 16         | Ubuntu 10.04     |
+**Pandora machines** are in a special cluster and queue **ms-guests.q** available for our colleagues from KSVI and for students of [[http://ufal.mff.cuni.cz/courses/npfl102|Data intensive computing]] (see the 2016 handouts if you missed the course).
+**Sol machines** are for us - we can ssh there, submit jobs and also do computing (e.g. collecting statistics from the submitted jobs).
 Frontovací systém umožňuje:
@@ Line 18: / Line 40: @@
 Jednou za život musíte provést [[Základní nastavení SGE]], abyste SGE mohli používat.
 ===== Ukázka užití SGE =====
@@ Line 25: / Line 46: @@
 <code>
-ssh lrc
+ssh lrc2
   # přihlašte se na hlavu clusteru
 echo "hostname; pwd" > skript.sh
@@ Line 38: / Line 59: @@
   # Pořadí parametrů **je** důležité, co je za jménem skriptu, to se předává skriptu.
 qstat
-  # Podívejme se, jaké úlohy běží.
+qstat -u '*'
+  # Podívejme se, jaké vaše úlohy běží.
   # SGE chvíli čeká, než skript opravdu spustí. Pro malinké úlohy tedy SGE může představovat
   # zbytečné zpoždění.
+  # -u '*' ukáže úlohy všech uživatelů na clusteri
 cat skript.sh.oXXXXX
   # vypište si výstup skriptu. XXXXX je ID jobu, které bylo přiděleno
@@ Line 62: / Line 85: @@
 qsub -S /bin/bash
   # když chcete, aby skript běžel v bashi
-qdel all
+qsub -V
+  # když chcete předat proměnné prostředí
+qdel \*
   # když chcete zrušit všechny své joby (rušit cizí nesmíte)
 </code>
-** V.N.: "qdel all" mi nefunguje, nahradil jsem za:**
-   qdel "*"
@@ Line 76: / Line 100: @@
   * Nespouštět úlohy ručně. (O ručně spuštěných úlohách SGE nemá informaci, klidně na daný uzel pošle ještě další úlohy z fronty.)
+    * Interaktivní shell se dá získat příkazem ''qrsh'' (přičemž specifikujete požadavky na zdroje stejně jako u ''qsub'')
 Další doporučení:
@@ Line 82: / Line 107: @@
   * Uklízet po sobě lokální data, protože jinak si tam už nikdo nic užitečného nepustí.
   * Vyhnout se hodně divokému paralelnímu přístupu ke sdíleným diskům. NFS server to pak nepěkně zpomalí pro všechny. Distribuujte tedy i data.
+  * Informovat SGE, kolik paměti úloha žere, aby na strojích nedošla paměť (a používat "hard" limit, kdy SGE úlohu zabije, pokud rezervovanou paměť překročí): <code>qsub -hard -l mem_free=8G -l act_mem_free=8G -l h_vmem=8G</code>
 Víc pravidel není.
+===== Slušné chování =====
+Pokud chci spouštět úlohy, které poběží dlouhou dobu (hodiny, dny), nepustím je všechny najednou, aby cluster mohli využívat i ostatní.
 ===== Triky a opentlení =====
 ==== ~bojar/tools/shell/qsubmit ====
@@ Line 99: / Line 130: @@
 </code>
+lépe funguje ''~{stepanek,pajas}/bin/qcmd'' (nemusí se kvotovat parametry, správně počítá čas běhu...)
 ==== ~zeman/bin/qsub.csh ====
@@ Line 117: / Line 149: @@
 (Kdybych místo uvozovek použil apostrofy, nerozbalily by se mi proměnné. První argument (název skriptu) klidně mohl být v uvozovkách spolu s přesměrováním. Dal jsem ho ven jen proto, že potom ''qsub.csh'' podle něj pojmenuje job ve frontě.)
+==== TectoMT: devel/tools/cluster_utils/qrunblocks ====
+Jako ''$BRUNBLOCKS'', ale spouští úlohy na gridu (bez pomoci [[internal:jtred]]u).
+   qrunblocks filelist blocks
+Skript zadanou hromádku souboru rozdělí do ''-''''-jobs'' jobů. Každý job na gridu pak projede své soubory danou sekvencí bloků.
+Soubory možno zadat filelistem, nebo pomocí ''-''''-glob'' (stručně ''-g''). Bloky možno vyjmenovat v jednom argumentu, nebo načíst ze souboru pomocí ''--blocksfile SOUBOR''.
+Je nutné buď zadat ''-''''-tmt-root CESTA'', nebo mít nastaven ''$TMT_ROOT'' podle inicializace TectoMT.
+Parametr ''-E'' zpusobí, že se jobům z aktuálního prostředí procedí všechny proměnné ''TMT_PARAM_*'' (čili např. model parseru ap.). Případně je pomocí ''-e'' možné vyjmenovat některé (další) ručně.
+Parametr ''-''''-sync'' způsobí, že skript navíc bude (pasivně) čekat, až všechny joby skončí.
+Výstup každého jobu jde do vlastního logu, ''JOBNAME.o123456''. Pokud JOBNAME nezadáte (parametr ''-N''), užije se defaultní ''qrunblocks''.
+Parametr ''-''''-join'' způsobí, že se STDOUT všech kousků (ve správném pořadí) sebere a vypíše na hlavní STDOUT (''-''''-join'' implikuje ''-''''-sync''). Při spojování se také dělá důkladný test exitstatusů, takže ''qrunblocks'' končí úspěchem jen tehdy, když všechny joby uspěly.
+Bez ''-''''-sync'' nebo ''-''''-join'' nezbývá, než kontrolovat, jestli logy jednotlivých jobů na konci nemají napsáno:  ''Status: FAILED''.
+===== Monitorování úloh =====
+  * ''qstat [-u user]'' -- seznam úloh aktuálně běžících / ve frontě
+  * ''qhost'' -- dostupné zdroje
+  * ''/SGE/REPORTER/LRC-UFAL/bin/lrc_users_real_mem_usage -u user -w'' -- aktuální využití paměti uživatelem
+  * ''/SGE/REPORTER/LRC-UFAL/bin/lrc_users_limits_requested -w'' -- nárokované požadavky uživatelů
+  * ''/SGE/REPORTER/LRC-UFAL/bin/lrc_nodes_meminfo'' -- vypis vsech uzlu a stav vytiznosti pameti.
+    * mem_total: celkova pamet uzlu
+    * mem_free: tedy kolik je jeste volne pameti z pametove quoty uzlu
+    * act_mem_free: kolik uzlu OPRAVDU zbyva volne pameti
+    * mem_used: kolik je pameti skutecne pouzito
+  * ''/SGE/REPORTER/LRC-UFAL/bin/lrc_state_overview'' -- celkový přehled o clusteru
+    * celkovy pocet jader, pocet vyuzitych jader
+    * celkova velikost RAM, kolik je ji fyzicky nepouzite, kolik je ji jeste nerezervovane
+    * po jednotlivych uzivatelich (zrovna pocitajicich) -- kolik jim bezi uloh, kolik jich maji ve fronte a kolik z nich je ve stavu hold
+  * ''cat /SGE/REPORTER/LRC-UFAL/stats/userlist.weight'' -- seznam uživatelů clusteru seřazený podle dosavadní aktivity (počet odeslaných úloh × čas, který běžely), aktualizovaný každý den v&nbsp;noci
+  * [[https://ufaladm2.ufal.hide.ms.mff.cuni.cz/munin/ufal.hide.ms.mff.cuni.cz/lrc1.ufal.hide.ms.mff.cuni.cz/lrc_users.html|Munin: graf vytíženosti clusteru podle uživatelů]] (viditelný pouze ze sítě ÚFAL)
 ===== Časté a záludné problémy =====
-==== Submitnutý job nesmí znovu submitovat ====
-Pokud se nemýlím, není dovoleno použít ''qsub'' ve skriptu/programu, který je už přes ''qsub'' spuštěn.
+==== Submitnutý job může znovu submitovat ====
+Danovy starší zkušenosti s clusterem PBS (nikoli SGE) říkaly, že tohle nejde. Ale jde to, aspoň u nás. Příkazy ''qsub'' a spol. jsou kromě hlavy clusteru dostupné i na všech strojích clusteru, samozřejmě pokud váš soubor ''.bashrc'', ''.cshrc'' apod. zajistí, že se i na nich provede inicializace prostředí SGE.
@@ Line 182: / Line 259: @@
 fi
 </code>
+==== Jak zjistit, jaké zdroje jsem pro svou úlohu požadoval ====
+<code>qstat -j 973884,982737,984029,984030,984031,984034,984036 | grep resource
+hard resource_list:         mem_free=50g
+hard resource_list:         mem_free=200g
+hard resource_list:         mem_free=16g
+hard resource_list:         mem_free=16g
+hard resource_list:         mem_free=16g
+hard resource_list:         mem_free=31g</code>
+==== Jak rezervovat více jader na stejném stroji pro 1 job ====
+<code>
+qsub -pe smp <pocet jader>
+</code>
+===== Synchronizace úloh (v Perlu) =====
+Pokud chci paralelizovat část úlohy (zde ''muj_skript.pl''), obvykle potřebuju po provedení paralelní části posbírat výsledky a hlavně počkat na dokončení všech paralelních větví. Jak na to jednoduše:
+  * Obalím svůj skript pro běh na gridu – vytvořím ''obaleno.sh'':
+    <code>
+#!/bin/bash
+. /net/projects/SGE/user/sge_profile >/dev/null
+qrsh -cwd -V -p -50 -l mf=5g -now no 'renice 10 $$ >/dev/null; ./muj_skript.pl $@'
+</code>
+  * Ve svém hlavním skriptu ho pak zavolám a posbírám výsledky:
+    <code>
+use FileHandle;
+use IPC::Open2;
+use threads;
+use threads::shared;
+my @threads;
+my @results;
+share(@results);
+for (@inputs)   {
+    my $t = async {
+        my $reader; my $writer;
+        my $pid = open2($reader, $writer, "./obaleno.sh " . $parametry); # Pustime ulohu na gridu
+        die "Failed to open bipipe" if !$pid;
+        $writer->autoflush(1); # Muzem zavolat, ale v gridu NEFUNGUJE!!!
+        print $writer "$_\n" or die; # Poslem uloze v gridu vstup
+        $writer->close(); # Dulezite, viz o 2 radky vyse
+        for (<$reader>)    { # Posbirame vysledky
+            chomp;
+            {
+               lock @results;
+               push @results, $_;
+            }
+        }
+        waitpid $pid, 0; # Pockame s ukoncenim vlakna na ukonceni ulohy v gridu
+        return $? >> 8; # Pokusime se ziskat navratovou hodnotu (netestoval jsem)
+    };
+    push @threads, $t;
+}
+for (@threads)  { # Pockame, az to vsichni dodelaji
+    die "Child exited with non-zero exit code" if $_->join();
+}
+</code>
+Poznámky:
+  * Pokud lze všechno předat parametry, nemusí se otevírat obousměrná roura a situace bude jednodušší
+  * Pokud ''muj_skript.pl'' začne psát na výstup dřív, než přečetl všechen vstup, dojde k deadlocku. Lze vyřešit obalením příkazy ''cat'' v ''obaleno.sh''.
+  * Celý příklad je k vidění v Czengu od V.N.

[ Back to the navigation ] [ Back to the content ]

Institute of Formal and Applied Linguistics Wiki

Differences