Differences
This shows you the differences between two versions of the page.
Both sides previous revision Previous revision Next revision | Previous revision Next revision Both sides next revision | ||
grid [2008/04/08 15:39] stepanek |
grid [2008/11/26 19:46] stepanek qcmd |
||
---|---|---|---|
Line 18: | Line 18: | ||
Jednou za život musíte provést [[Základní nastavení SGE]], abyste SGE mohli používat. | Jednou za život musíte provést [[Základní nastavení SGE]], abyste SGE mohli používat. | ||
+ | |||
Line 62: | Line 63: | ||
qsub -S /bin/bash | qsub -S /bin/bash | ||
# když chcete, aby skript běžel v bashi | # když chcete, aby skript běžel v bashi | ||
+ | qsub -V | ||
+ | # když chcete předat proměnné prostředí | ||
qdel all | qdel all | ||
# když chcete zrušit všechny své joby (rušit cizí nesmíte) | # když chcete zrušit všechny své joby (rušit cizí nesmíte) | ||
Line 68: | Line 71: | ||
** V.N.: "qdel all" mi nefunguje, nahradil jsem za:** | ** V.N.: "qdel all" mi nefunguje, nahradil jsem za:** | ||
qdel " | qdel " | ||
+ | |||
Line 83: | Line 87: | ||
* Uklízet po sobě lokální data, protože jinak si tam už nikdo nic užitečného nepustí. | * Uklízet po sobě lokální data, protože jinak si tam už nikdo nic užitečného nepustí. | ||
* Vyhnout se hodně divokému paralelnímu přístupu ke sdíleným diskům. NFS server to pak nepěkně zpomalí pro všechny. Distribuujte tedy i data. | * Vyhnout se hodně divokému paralelnímu přístupu ke sdíleným diskům. NFS server to pak nepěkně zpomalí pro všechny. Distribuujte tedy i data. | ||
+ | * Informovat SGE, kolik paměti úloha žere, aby na strojích nedošla paměť: < | ||
+ | |||
Víc pravidel není. | Víc pravidel není. | ||
Line 91: | Line 97: | ||
===== Triky a opentlení ===== | ===== Triky a opentlení ===== | ||
+ | |||
==== ~bojar/ | ==== ~bojar/ | ||
Line 103: | Line 110: | ||
</ | </ | ||
+ | lépe funguje '' | ||
==== ~zeman/ | ==== ~zeman/ | ||
Line 121: | Line 129: | ||
(Kdybych místo uvozovek použil apostrofy, nerozbalily by se mi proměnné. První argument (název skriptu) klidně mohl být v uvozovkách spolu s přesměrováním. Dal jsem ho ven jen proto, že potom '' | (Kdybych místo uvozovek použil apostrofy, nerozbalily by se mi proměnné. První argument (název skriptu) klidně mohl být v uvozovkách spolu s přesměrováním. Dal jsem ho ven jen proto, že potom '' | ||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | ==== TectoMT: devel/ | ||
+ | |||
+ | Jako '' | ||
+ | |||
+ | | ||
+ | |||
+ | Skript zadanou hromádku souboru rozdělí do '' | ||
+ | |||
+ | Soubory možno zadat filelistem, nebo pomocí '' | ||
+ | |||
+ | Je nutné buď zadat '' | ||
+ | |||
+ | Parametr '' | ||
+ | |||
+ | Parametr '' | ||
+ | |||
+ | Výstup každého jobu jde do vlastního logu, '' | ||
+ | |||
+ | Parametr '' | ||
+ | |||
+ | Bez '' | ||
===== Časté a záludné problémy ===== | ===== Časté a záludné problémy ===== | ||
Line 186: | Line 220: | ||
fi | fi | ||
</ | </ | ||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | ===== Synchronizace úloh (v Perlu) ===== | ||
+ | |||
+ | Pokud chci paralelizovat část úlohy (zde '' | ||
+ | |||
+ | * Obalím svůj skript pro běh na gridu – vytvořím '' | ||
+ | < | ||
+ | #!/bin/bash | ||
+ | . / | ||
+ | |||
+ | qrsh -cwd -V -p -50 -l mf=5g -now no ' | ||
+ | </ | ||
+ | * Ve svém hlavním skriptu ho pak zavolám a posbírám výsledky: | ||
+ | < | ||
+ | use FileHandle; | ||
+ | use IPC::Open2; | ||
+ | use threads; | ||
+ | use threads:: | ||
+ | my @threads; | ||
+ | my @results; | ||
+ | share(@results); | ||
+ | for (@inputs) | ||
+ | my $t = async { | ||
+ | my $reader; my $writer; | ||
+ | my $pid = open2($reader, | ||
+ | die " | ||
+ | $writer-> | ||
+ | print $writer " | ||
+ | $writer-> | ||
+ | for (< | ||
+ | chomp; | ||
+ | { | ||
+ | lock @results; | ||
+ | push @results, $_; | ||
+ | } | ||
+ | } | ||
+ | waitpid $pid, 0; # Pockame s ukoncenim vlakna na ukonceni ulohy v gridu | ||
+ | return $? >> 8; # Pokusime se ziskat navratovou hodnotu (netestoval jsem) | ||
+ | }; | ||
+ | push @threads, $t; | ||
+ | } | ||
+ | for (@threads) | ||
+ | die "Child exited with non-zero exit code" if $_-> | ||
+ | } | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | Poznámky: | ||
+ | * Pokud lze všechno předat parametry, nemusí se otevírat obousměrná roura a situace bude jednodušší | ||
+ | * Pokud '' | ||
+ | * Celý příklad je k vidění v Czengu od V.N. | ||
+ |