[ Skip to the content ]

Institute of Formal and Applied Linguistics Wiki


[ Back to the navigation ]

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision
Previous revision
Next revision Both sides next revision
grid [2008/10/20 15:02]
novak
grid [2008/10/29 11:23]
bojar oprava odkazu
Line 108: Line 108:
 ~bojar/tools/shell/qsubmit "bashovy_prikaz < prismeruj > presmeruj 2> atd..." ~bojar/tools/shell/qsubmit "bashovy_prikaz < prismeruj > presmeruj 2> atd..."
 </code>  </code> 
 +
  
  
Line 127: Line 128:
  
 (Kdybych místo uvozovek použil apostrofy, nerozbalily by se mi proměnné. První argument (název skriptu) klidně mohl být v uvozovkách spolu s přesměrováním. Dal jsem ho ven jen proto, že potom ''qsub.csh'' podle něj pojmenuje job ve frontě.) (Kdybych místo uvozovek použil apostrofy, nerozbalily by se mi proměnné. První argument (název skriptu) klidně mohl být v uvozovkách spolu s přesměrováním. Dal jsem ho ven jen proto, že potom ''qsub.csh'' podle něj pojmenuje job ve frontě.)
 +
 +
 +
 +==== TectoMT: devel/tools/cluster_utils/qrunblocks ====
 +
 +Jako ''$BRUNBLOCKS'', ale spouští úlohy na gridu (bez pomoci [[internal:jtred]]u).
 +
 +
 +
 +Skript zadanou hromádku souboru rozdělí do N jobu. Každý job na gridu pak projede své soubory danou sekvencí bloků.
 +
 +Je nutné buď zadat ''--tmt-root CESTA'', nebo mít nastaven ''$TMT_ROOT'' podle inicializace TectoMT.
 +
 +Parametr ''-E'' zpusobí, že se jobům z aktuálního prostředí procedí všechny proměnné ''TMT_PARAM_*'' (čili např. model parseru ap.). Případně je pomocí ''-e'' možné vyjmenovat některé (další) ručně.
 +
 +Parametr ''--sync'' způsobí, že skript navíc bude čekat, až všechny joby skončí.
 +
 +Výstup každého jobu jde do vlastního logu, ''JOBNAME.o123456''. Pokud JOBNAME nezadáte (parametr ''-N''), užije se defaultní ''qrunblocks''.
 +
 +Zatím není na závěr nijak testováno, jestli se analýzy povedly. Jediné, o co se snažím, je, aby na konci každého logu bylo napsáno ''Status: FAILED'', pokud se analýza toho kusu nepovedla.
 +
 +Urcite je tam jeste spousta nevychytanych much, zejm. s ruznym escapovanim ruznych veci... 
 +
  
 ===== Časté a záludné problémy ===== ===== Časté a záludné problémy =====
Line 192: Line 216:
 fi fi
 </code> </code>
 +
 +
 +
  
  
 ===== Synchronizace úloh (v Perlu) ===== ===== Synchronizace úloh (v Perlu) =====
  
-Pokud chci paralelizovat část úlohy (zde ''muj_skript.pl''), obvykle potřebuju po provedení paralelní části posbírat výsledky a hlavně počkat na dokončení všech paralelních větví. Jak na to jednodušše:+Pokud chci paralelizovat část úlohy (zde ''muj_skript.pl''), obvykle potřebuju po provedení paralelní části posbírat výsledky a hlavně počkat na dokončení všech paralelních větví. Jak na to jednoduše:
  
   * Obalím svůj skript pro běh na gridu – vytvořím ''obaleno.sh'':   * Obalím svůj skript pro běh na gridu – vytvořím ''obaleno.sh'':
Line 203: Line 230:
 . /net/projects/SGE/user/sge_profile >/dev/null . /net/projects/SGE/user/sge_profile >/dev/null
  
-qrsh -cwd -V -p -50 -l mf=5g -now no 'renice 10 $$ >/dev/null; ./muj_skript.pl'+qrsh -cwd -V -p -50 -l mf=5g -now no 'renice 10 $$ >/dev/null; ./muj_skript.pl $@'
 </code> </code>
   * Ve svém hlavním skriptu ho pak zavolám a posbírám výsledky:   * Ve svém hlavním skriptu ho pak zavolám a posbírám výsledky:
     <code>     <code>
 +use FileHandle;
 +use IPC::Open2;
 use threads; use threads;
 use threads::shared; use threads::shared;
Line 240: Line 269:
   * Pokud lze všechno předat parametry, nemusí se otevírat obousměrná roura a situace bude jednodušší   * Pokud lze všechno předat parametry, nemusí se otevírat obousměrná roura a situace bude jednodušší
   * Pokud ''muj_skript.pl'' začne psát na výstup dřív, než přečetl všechen vstup, dojde k deadlocku. Lze vyřešit obalením příkazy ''cat'' v ''obaleno.sh''.   * Pokud ''muj_skript.pl'' začne psát na výstup dřív, než přečetl všechen vstup, dojde k deadlocku. Lze vyřešit obalením příkazy ''cat'' v ''obaleno.sh''.
-  * Celý příklad je použit v Czengu od V.N.+  * Celý příklad je k vidění v Czengu od V.N.
  

[ Back to the navigation ] [ Back to the content ]