Differences
This shows you the differences between two versions of the page.
Both sides previous revision Previous revision Next revision | Previous revision Next revision Both sides next revision | ||
grid [2010/03/28 14:21] zeman Submitnutá úloha může znova submitovat. |
grid [2017/09/26 18:30] popel delete outdated/old tricks |
||
---|---|---|---|
Line 1: | Line 1: | ||
- | ====== | + | ====== |
- | Cluster | + | LRC (Linguistic Research Cluster) is a name of ÚFAL' |
- | * lrc.ufal.hide.ms.mff.cuni.cz: | + | If you need GPU processing, see a special page about our [[:gpu|GPU cluster called DLL]] (which is actually |
- | * fireball1 až 10 (4xcore, 32 GB RAM, Ubuntu 8.04, 2 procesory Intel Xeon 3 GHz) | + | |
- | * tauri1 | + | |
- | * orion1 až 10 (4xcore, 32 GB RAM, Ubuntu 8.04, 2 procesory Intel Xeon 2 GHz) | + | |
- | * sol1 až 13 (4xcore, 16 GB RAM, Ubuntu 8.04, 2 procesory AMD Opteron Dual Core 2 GHz) | + | |
+ | ===== List of Machines ===== | ||
+ | The list has been updated 2017/09. All machines have Ubuntu 14.04. | ||
+ | Some machines are at Malá Strana (ground floor, new server room built from Lindat budget), some are at Troja (5 km north-east). | ||
+ | If you need to quickly distinguish which machine is located where, you can use your knowledge of [[https:// | ||
+ | |||
+ | ==== Troja (troja-all.q) ==== | ||
+ | ^ Name ^ CPU type ^ GHz ^cores ^RAM(GB)^ note ^ | ||
+ | | achilles[1-8] | ||
+ | | hector[1-8] | ||
+ | | helena[1-8] | ||
+ | | paris[1-8] | ||
+ | |||
+ | ==== MS = Malá Strana (ms-all.q) ==== | ||
+ | |||
+ | ^ Name ^ CPU type ^ GHz ^cores ^RAM(GB)^ note ^ | ||
+ | | andromeda[1-13] | ||
+ | | hydra[1-4] | ||
+ | | fireball[1-10] | ||
+ | | hyperion[1-9] | ||
+ | | lucifer[1-10] | ||
+ | | orion[1-6] | ||
+ | | orion[7-10] | ||
+ | | tauri[1-10] | ||
+ | | cosmos | ||
+ | | belzebub | ||
+ | | iridium | ||
+ | | twister[1, | ||
+ | |||
+ | === Outside LRC cluster (but located as MS) === | ||
+ | ^ Name ^ CPU type ^ GHz ^cores ^ RAM(GB)^ note ^ | ||
+ | | lrc[1, | ||
+ | | pandora[1-10] | ||
+ | | sol[1-5] | ||
+ | | sol[6-8] | ||
+ | |||
+ | The two **lrc machines** are so called heads of the cluster. **No computation is allowed here**, i.e. no CPU-intensive, | ||
+ | |||
+ | Alternatively, | ||
+ | |||
+ | The **pandora machines** are in a special cluster (not accessible from lrc) and queue **ms-guests.q** available for our colleagues from KSVI and for students of [[http:// | ||
+ | |||
+ | fronty výpočtů, které se odesílají na výpočetní stroje v clusteru. Na hlavě se nemají pouštět žádné náročné výpočty a naopak na ostatní stroje v clusteru se mají výpočty odesílat výhradně prostřednictvím hlavy. Hlava má 2 procesory Intel Pentium D 3 GHz a 1 GB paměti. Ve skutečnosti existují hlavy dvě - lrc1 a lrc2, které sdílí IP adresu lrc.ufal.hide.ms.mff.cuni.cz. V případě výpadku jedné z hlav, přebírá kontrolu ta druhá. | ||
Frontovací systém umožňuje: | Frontovací systém umožňuje: | ||
Line 24: | Line 62: | ||
< | < | ||
- | ssh lrc-two | + | ssh lrc2 |
# přihlašte se na hlavu clusteru | # přihlašte se na hlavu clusteru | ||
echo " | echo " | ||
Line 65: | Line 103: | ||
qsub -V | qsub -V | ||
# když chcete předat proměnné prostředí | # když chcete předat proměnné prostředí | ||
- | qdel all | + | qdel \* |
# když chcete zrušit všechny své joby (rušit cizí nesmíte) | # když chcete zrušit všechny své joby (rušit cizí nesmíte) | ||
</ | </ | ||
- | |||
- | ** V.N.: "qdel all" mi nefunguje, nahradil jsem za:** | ||
- | qdel " | ||
Line 81: | Line 116: | ||
* Nespouštět úlohy ručně. (O ručně spuštěných úlohách SGE nemá informaci, klidně na daný uzel pošle ještě další úlohy z fronty.) | * Nespouštět úlohy ručně. (O ručně spuštěných úlohách SGE nemá informaci, klidně na daný uzel pošle ještě další úlohy z fronty.) | ||
+ | * Interaktivní shell se dá získat příkazem '' | ||
Další doporučení: | Další doporučení: | ||
Line 87: | Line 123: | ||
* Uklízet po sobě lokální data, protože jinak si tam už nikdo nic užitečného nepustí. | * Uklízet po sobě lokální data, protože jinak si tam už nikdo nic užitečného nepustí. | ||
* Vyhnout se hodně divokému paralelnímu přístupu ke sdíleným diskům. NFS server to pak nepěkně zpomalí pro všechny. Distribuujte tedy i data. | * Vyhnout se hodně divokému paralelnímu přístupu ke sdíleným diskům. NFS server to pak nepěkně zpomalí pro všechny. Distribuujte tedy i data. | ||
- | * Informovat SGE, kolik paměti úloha žere, aby na strojích nedošla paměť: < | + | * Informovat SGE, kolik paměti úloha žere, aby na strojích nedošla paměť |
Line 112: | Line 148: | ||
lépe funguje '' | lépe funguje '' | ||
- | ==== ~zeman/ | + | ===== Monitorování úloh ===== |
- | Podobná věc pro '' | + | * '' |
- | + | * '' | |
- | <code tcsh> | + | * ''/ |
- | echo $* > $SCRIPTFILE | + | * ''/ |
- | echo $* | + | |
- | echo qsub -cwd -V -S /bin/tcsh -m e $SCRIPTFILE | + | * mem_total: celkova pamet uzlu |
- | qsub -cwd -V -S /bin/tcsh -m e $SCRIPTFILE | + | * mem_free: tedy kolik je jeste volne pameti z pametove quoty uzlu |
- | qstat -u '*' | + | * act_mem_free: kolik uzlu OPRAVDU zbyva volne pameti |
- | rm $SCRIPTFILE< | + | * mem_used: kolik je pameti skutecne pouzito |
- | + | | |
- | Příklad spuštění: | + | * celkovy pocet jader, pocet vyuzitych jader |
- | + | * celkova velikost RAM, kolik je ji fyzicky nepouzite, kolik je ji jeste nerezervovane | |
- | < | + | * po jednotlivych uzivatelich |
- | + | | |
- | (Kdybych místo uvozovek použil apostrofy, nerozbalily by se mi proměnné. První argument (název skriptu) klidně mohl být v uvozovkách spolu s přesměrováním. Dal jsem ho ven jen proto, že potom '' | + | * [[https:// |
- | + | ||
- | + | ||
- | + | ||
- | + | ||
- | + | ||
- | ==== TectoMT: devel/ | + | |
- | + | ||
- | Jako '' | + | |
- | + | ||
- | | + | |
- | + | ||
- | Skript zadanou hromádku souboru rozdělí do '' | + | |
- | + | ||
- | Soubory možno zadat filelistem, nebo pomocí '' | + | |
- | + | ||
- | Je nutné buď zadat '' | + | |
- | + | ||
- | Parametr '' | + | |
- | + | ||
- | Parametr '' | + | |
- | + | ||
- | Výstup každého jobu jde do vlastního logu, '' | + | |
- | + | ||
- | Parametr '' | + | |
- | + | ||
- | Bez '' | + | |
===== Časté a záludné problémy ===== | ===== Časté a záludné problémy ===== | ||
Line 222: | Line 232: | ||
</ | </ | ||
+ | ==== Jak zjistit, jaké zdroje jsem pro svou úlohu požadoval ==== | ||
+ | < | ||
+ | hard resource_list: | ||
+ | hard resource_list: | ||
+ | hard resource_list: | ||
+ | hard resource_list: | ||
+ | hard resource_list: | ||
+ | hard resource_list: | ||
+ | ==== Jak rezervovat více jader na stejném stroji pro 1 job ==== | ||
- | + | < | |
- | ===== Synchronizace úloh (v Perlu) ===== | + | qsub -pe smp <pocet jader> |
- | + | ||
- | Pokud chci paralelizovat část úlohy (zde '' | + | |
- | + | ||
- | * Obalím svůj skript pro běh na gridu – vytvořím '' | + | |
- | | + | |
- | # | + | |
- | . / | + | |
- | + | ||
- | qrsh -cwd -V -p -50 -l mf=5g -now no ' | + | |
- | </code> | + | |
- | * Ve svém hlavním skriptu ho pak zavolám a posbírám výsledky: | + | |
- | < | + | |
- | use FileHandle; | + | |
- | use IPC:: | + | |
- | use threads; | + | |
- | use threads:: | + | |
- | my @threads; | + | |
- | my @results; | + | |
- | share(@results); | + | |
- | for (@inputs) | + | |
- | my $t = async { | + | |
- | my $reader; my $writer; | + | |
- | my $pid = open2($reader, | + | |
- | die " | + | |
- | $writer-> | + | |
- | print $writer " | + | |
- | $writer-> | + | |
- | for (< | + | |
- | chomp; | + | |
- | { | + | |
- | lock @results; | + | |
- | push @results, $_; | + | |
- | } | + | |
- | } | + | |
- | waitpid $pid, 0; # Pockame s ukoncenim vlakna na ukonceni ulohy v gridu | + | |
- | return $? >> 8; # Pokusime se ziskat navratovou hodnotu (netestoval jsem) | + | |
- | }; | + | |
- | push @threads, $t; | + | |
- | } | + | |
- | for (@threads) | + | |
- | die "Child exited with non-zero exit code" if $_-> | + | |
- | } | + | |
</ | </ | ||
- | Poznámky: | ||
- | * Pokud lze všechno předat parametry, nemusí se otevírat obousměrná roura a situace bude jednodušší | ||
- | * Pokud '' | ||
- | * Celý příklad je k vidění v Czengu od V.N. |