Both sides previous revision
Previous revision
Next revision
|
Previous revision
Next revision
Both sides next revision
|
user:zeman:moses [2008/12/15 17:45] zeman Cesta ke qsubmitu. |
user:zeman:moses [2008/12/15 22:22] zeman Bash. |
| |
Nastavuju cesty ''PWD'' a ''WS'' na začátku Makefilu. ''PWD'' vede na právě vytvořený ''moses_playground'', ''WS'' je název právě vytvořeného pracovního prostoru ''workspace.20081215-1642''. | Nastavuju cesty ''PWD'' a ''WS'' na začátku Makefilu. ''PWD'' vede na právě vytvořený ''moses_playground'', ''WS'' je název právě vytvořeného pracovního prostoru ''workspace.20081215-1642''. |
| |
| |
===== Příprava korpusů ===== | ===== Příprava korpusů ===== |
| |
Pozor, tady už některé věci vyžadují úpravy, např. se tam přistupuje k ''~/diplomka'', čímž se ale má na mysli zřejmě ''/home/bojar/diplomka''. Taky se tam předpokládá existence příkazu ''qsubmit'', což je jednak Ondrova obálka na ''qsub'', kterou normální lidi nemají v cestě (velmi pravděpodobně je to tohle: ''~bojar/tools/shell/qsubmit''), jednak musíme ''make align'' volat z počítače, ze kterého lze odeslat výpočet na cluster (tedy z ''lrc''). | Pozor, tady už některé věci vyžadují úpravy, např. se tam přistupuje k ''~/diplomka'', čímž se ale má na mysli zřejmě ''/home/bojar/diplomka''. Taky se tam předpokládá existence příkazu ''qsubmit'', což je jednak Ondrova obálka na ''qsub'', kterou normální lidi nemají v cestě (velmi pravděpodobně je to tohle: ''~bojar/tools/shell/qsubmit''), jednak musíme ''make align'' volat z počítače, ze kterého lze odeslat výpočet na cluster (tedy z ''lrc''). |
| |
| Vyžaduje se také perlový modul ''File::NFSLock'', který normálně nemám v ''@INC'', takže asi není ve standardní ÚFALí distribuci Perlu. Zjistil jsem, že Ondra tuhle knihovnu má v ''/home/bojar/myperl/lib'' (kromě toho má ještě ''/home/bojar/perllib'', tam jsou nějaké další balíčky z CPANu). Protože normálně nepoužívám ''bash'', nedokázal jsem ho rychle přinutit, aby tuhle cestu standardně přidal do ''PERLLIB'' a ''PERL5LIB''. Nakonec jsem raději přidal na začátek ''augment.pl'' řádek ''use lib '/home/bojar/myperl/lib';''. |
| |
<code bash>Pak je skript augment.pl, ktery podle navodu z daneho korpusu vyreze potrebne faktory, napr.: | <code bash>Pak je skript augment.pl, ktery podle navodu z daneho korpusu vyreze potrebne faktory, napr.: |
| |
To byla priprava. :-)</code> | To byla priprava. :-)</code> |
| |
| Z tohohle to skoro vypadá, že se augment má pouštět před alignem, a ne až po něm. Z Makefilu je ale vidět, že se volání augmentu předává jako parametr alignu, který si ho zřejmě obsluhuje sám. |
| |
===== Pouštění pokusů ===== | ===== Pouštění pokusů ===== |