This is an old revision of the document!
Table of Contents
Základní nastavení SGE
Musíte zařídit, aby se vám po každém nalogování na počítače v clusteru správně nastavily proměnné prostředí, které jsou pro práci s clusterem potřeba (včetně úpravy PATH
, abyste viděli nástroje jako qsub
a qstat
). Tento krok se liší podle toho, jaký používáte shell:
bash
Do svého ~/.bash_profile
(nikoli ~/.bashrc
, protože ten skript vypisuje komentáře) přidejte následující řádky:
. /net/projects/SGE/user/sge_profile # Sun Grid Engine variables set...
A pak se znovu nalogujte, aby se tyhle řádky taky provedly.
csh
Výše uvedený Milanův skript pro bash testuje, na kterém počítači v clusteru se nacházíte, a podle toho vás nasměruje na SGE balík zkompilovaný pro příslušnou architekturu. Naštěstí nyní máme hlavu clusteru, počítač lrc.ufal.hide, takže je možné, že stačí počítat s jeho architekturou. Zkusil jsem si do ~/.cshrc
přidat následující řádek a zatím se zdá, že to bude fungovat:
source /net/projects/SGE/Intel_6.1u2/default/common/settings.csh
Po změně .cshrc není potřeba se přelogovat, stačí zavolat source ~/.cshrc
.